Adullact (http://adullact.net/)et (http://adullact.org/) = Association des Développeurs et Utilisateurs de Logiciels Libres pour l'Administration et les Collectivités Territoriales [fr].
Aful (http://www.aful.org/) = French speaking Libre Software Users' Association [fr].
April (http://www.april.org/) = Association pour promouvoir et défendre le logiciel Libre [fr].
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FSF (http://www.fsf.org/) = Free Software Foundation - GNU project [en].
Léa-linux (http://lea-linux.org/) : Linux entre amis - Site francophone d'entraide pour Linux [fr].
Free resources (from 3 years to secondary school)
+ 1, 2, 3... codez ! (http://www.fondation-lamap.org/123-codez) : Enseigner l'informatique à l'école et au collège (Fondation La main à la pâte (http://www.fondation-lamap.org/)) [fr].
Africalan (https://wiki.april.org/w/Afrikalan) : système éducatif sur Raspberry Pi fournissant des ressources éducatives libres dans des environnements difficiles, notamment en Afrique [fr].
Dr Geo (http://www.drgeo.eu/) : the interactive geometry and programming software. It helps kids to explore geometry [en]
EOLE (http://pcll.ac-dijon.fr/eole/) : Ensemble Ouvert Libre Évolutif (distribution GNU/Linux éditée par le Pôle Logiciels Libres pour des serveurs éducatifs) [fr].
EPI (http://www.epi.asso.fr/) : Association Enseignement Public & Informatique [fr].
+ GCompris (http://www.gcompris.net/index-en.html) : More than 140 educational activities from 2 to 10 [en].
Internet in a Box (http://internet-in-a-box.org/) brings the very best of the World's Free Knowledge (Wikipedia, Khan Academy, OpenStreetMap, E-Books and many others) to those who are offline [en].
OLPC (http://one.laptop.org/) = One Laptop Per Child (un portable pour chaque enfant) [en].
OLPC-France (http://olpc-france.org/) = Association française pour le projet OLPC (One Laptop Per Child : un portable pour chaque enfant) [fr].
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+ PhET (http://phet.colorado.edu/) Interactive simulations for science and math : now in HTML5 (http://phet.colorado.edu/en/simulations/category/new)[en].
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+ Scratch (https://scratch.mit.edu/) : Program games, animations and interactive stories [en].
+ Sésamath (http://www.sesamath.net/) : Ressources pédagogiques pour l'enseignement des mathématiques [fr].
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Unleash Kids (http://www.unleashkids.org/) : volunteers working to further education through computing in the developing world [en].
WikiFundi (https://www.wikifundi.org/) : Creating Wikipedia articles offline [en].
Comments on free ressources (in French)
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Jeux Mathématiques (http://ModLibre.info/fr/modlibre/faq/index.html#participation) : Participation au 22ème Salon « Culture et Jeux Mathématiques » [fr].
Free resources (from high school to research)
BnF (http://gallica.bnf.fr/accueil/) : bibliothèque numérique Gallica et Classes BnF (http://classes.bnf.fr/) : site pédagogique de la Bibliothèque nationale de France [fr].
Education/OER (https://creativecommons.org/about/program-areas/education-oer/) : With the internet, universal access to education is possible! [cc][en].
Cité des sciences et de l'industrie (http://www.cite-sciences.fr/) : rendre accessibles à tous les publics les savoirs scientifiques, techniques et industriels, ainsi que présenter les enjeux de société liés à leur évolution [fr].
Cours en ligne (https://coursenligne.parisnanterre.fr/) : licences, masters et agrégations [cc][fr].
EduLibre (http://www.edulibre.org/) : Portail d'échange de contenus pédagogiques libres [fr].
Europeana (http://www.europeana.eu/portal/) : cultural collections of Europe [en][fr].
+ F-Droid (http://f-droid.org/) : Free and Open Source applications for the Android platform [en].
FEniCS (https://fenicsproject.org/) : a popular free open-source (LGPLv3) computing platform for solving partial differential equations (PDEs) [en].
Firefox OS for Education (http://ModLibre.info/en/2015/firefox/) : Firefox OS applications for education (some of them are free and open source) [en].
Imaginary (https://imaginary.org/) : Open mathematics [en].
Jamendo (https://en.wikipedia.org/wiki/Jamendo) : a Luxembourg-based music website and an open community of independent artists and music lovers [en][fr].
+ Jupyter (http://jupyter.org/) : a project to develop open-source software, open-standards, and services for interactive computing across dozens of programming languages [en].
Khan Academy (https://www.khanacademy.org/about) : on-line educational resources [cc][en].
List (https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_open-source_video_games) : free-libre or open-source video games [en][fr].
MIT Open Courseware (http://ocw.mit.edu/index.htm) : Cours libres du MIT (Massachusetts Institute of Technology) dans toutes les disciplines [cc][en].
NASA World_Wind (http://worldwind.arc.nasa.gov/) : le monde vu par satellite [en].
+ OpenDreamKit (https://opendreamkit.org/): a project that brings together a range of projects and associate software to create and strengthen virtual research environments [en].
Phylogeny Programs (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html) : logiciels de phylogénie. Certains sont libres comme Unrooted (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/unrooted.html)[en].
Physique (http://wsdiscovery.free.fr/educsofts/) : logiciels pour l'enseignement des sciences physiques [fr].
Sup-numérique (http://www.sup-numerique.gouv.fr) : Le portail du numérique dans l'enseignement supérieur : auto-formation, formations à distance et MOOC [fr].
Systematic (https://systematic-paris-region.org/en/) : An international network to promote and accelerate development of members [en].
The Tree of Life (http://tolweb.org/tree/phylogeny.html) : a cooperative project for phylogeny and biodiversity [cc][en].
Partially free resources for fab labs
Arduino (http://www.arduino.cc/) : open-source electronics prototyping platform based on flexible, easy-to-use hardware and software [en].
ExpEYES (http://expeyes.in/) : A tool for learning science by exploring and experimenting [en].
4tronix (https://shop.4tronix.co.uk/pages/about-us) : Arduino, BBC micro:bit... and accessories [en].
Kiktronic (https://www.kitronik.co.uk/microbit.html) : BBC micro:bit and accessories [en].
MC Hobby (https://wiki.mchobby.be/index.php?title=Accueil) : Documenttion et tutoriels sur des cartes électroniques [fr].
Micro:Bit (https://en.wikipedia.org/wiki/Micro_Bit) embedded system designed by the BBC for use in computer education in the UK [en].
MicroPython (http://micropython.org/) Python for microcontrollers and constrained environments [en].
ProtoSnap (http://wiki.laptop.org/go/ProtoSnap_Contributors_Guide) : Arduino-compatible development platform for teaching the basics of real-time programming [en]
Pyboard (http://pyboard.org/) is a compact electronic circuit board that runs MicroPython on the bare metal [en].
Raspberry Pi (http://www.raspberrypi.org/documentation) : a capable little PC designed for kids all over the world to learn programming [en].
SparkFun (https://www.sparkfun.com/pages/microbit) kits for micro:bit [en].
Comments
[cc] Documents in Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/) [at least for some of them].